گارداسیل پس از ورود به بدن عوارضی به دنبال دارد که ممکن است در برخی افراد شدید هم باشد اما تا کنون مرگبار گزارش نشده است

سردرد، تب، تهوع، سرگیجه، درد در ناحیه تزریق، تورم، خارش، و غش در پانزده دقیقه اولیه پس از تزریق می‌تواند وجود داشته باشد. معمولاً ۱۵ دقیقه پس از انجام واکسن فرد را نگه می‌دارند. تزریق برای افراد با آلرژی به مخمر، خانم‌های باردار، کودکان زیر ۹ سال و کسانی که ضعف سیستم ایمنی دارند ممنوع است. زمان تزریق برای دختران ۹ تا ۲۶ سال و زمان تزریق برای پسران ۹ تا ۲۱ سال می‌باشد.در بروزرسانی که توسط مجله انجمن پزشکی آمریکا با بررسی گزارش‌های عوارض ناشی از واکسیناسیون انجام شده‌است، پس از تزریق ۲۳ میلیون دوز که از ژوئن ۲۰۰۶ تا دسامبر ۲۰۰۸ تزریق شده بود، تنها ۱۲۲۴۴ مورد عوارض جانبی مشاهده شده‌است.[۵][۶] مرکز کنترل و پیشگیری بیماری عوارض جانبی واکسن‌های ضد اچ‌پی‌وی را اغلب خفیف اعلام کرده که شایع‌ترین‌شان شامل درد و قرمزی در محل تزریق (بیشترین عارضه)، تب، سردرد یا احساس خستگی، سرگیجه، حالت تهوع و دردهای عضلانی و مفصلی است.[۷] چند موردغش (fainting) کوتاه و گذرا نیز گزارش شده‌است و به همین دلیل مرکز کنترل و پیشگیری بیماری و همچنین سازمان غذا و داروی آمریکا به پزشکان و پرستاران توصیه می‌کند که تزریق واکسن را به افراد، در حالتِ نشسته یا خوابیده انجام داده و پس از تزریق، فرد به مدت ۱۵ دقیقه در حالت نشسته بماند و تحت نظر باشد.